og store forfatterskab.
I 1882 rejste han til København for først at tage studentereksamen og siden fortsætte med en akademisk uddannelse. I hovedstadens litterære kredse var naturalismen og radikalismen fremherskende retninger, som den engagerede svendborgdreng snart blev involveret i. Han traf gennem Studentersamfundet sammen med unge ligesindede og med inspiration især fra vennerne Viggo Stuckenberg og Sophus Claussen udviklede han sin trang til at skrive sine indtryk og tanker ned i strofeform. Dette resulterede i hans første udgivelse, en lille digtsamling, Vers, som udkom i 1887.
Han afbrød imidlertid sine universitetsstudier for alene at ernære sig ved sin pen, hvilket vil sige som skrivende medarbejder ved forskellige københavnske aviser og tidsskrifter.
Ungdomsårenes udgivelser drejer sig især om en række små romaner med udpræget eksistensielle temaer af umiskendelig selvbiografisk art. Men livet i de fritænkerske kredse, hvor den borgerlige kønsmoral var sat ud af kraft, begyndte snart at nage hans samvittighed og med inspiration fra moderne fransk litteratur udgav han sammen med nogle venner et tidsskrift, Taarnet, som skulle være talerør for symbolismen, et formaliseret litterært opgør med den herskende åndsretning i dansk kunst og litteratur.
Efterhånden førtes han dog videre til en egentlig gudserkendelse for endelig i 1896 at finde sin åndelige plads i katolicismen.
Dette skifte kom til at præge hans litterære udvikling og med inspiration fra europæisk åndsliv, sådan som han mødte det på sine stadig hyppigere rejser, udviklede hans forfatterskab sig til nogle levende rejseskildringer og ikke mindst i en række biografier over nogle af Europas største helgen
skikkelser fik hans litterære genre sin endelige form. Især biografien over Den hellige Frans af Assisi vakte opmærksomhed i hele den katolske verden. Dette medførte bl.a., at han blev udnævnt til æresborger i Assisi i Italien, hvor han i 1915 havde slået sig ned.
Johannes Jørgensens liv formede sig ikke altid lige harmonisk. Hans hustru, Amalia f. Ewald, som han havde giftet sig med i 1891, fødte ham gennem årene 8 børn, men i 1913 måtte ægtefællerne gå fra hinanden efter dybe og dramatiske uoverensstemmelser. Først efter Amalias død i 1933 kunne han som katolik gifte sig igen. Hans anden hustru, Helena Klein, en ung østriger, var 30 år yngre end ham og overlevede ham da også med næsten 40 år.
Johannes Jørgensens forfatterskab var i vid udstrækning for fremmedartet for det danske publikum, men overalt udenfor Danmark nød han stor anerkendelse. Men ikke desto mindre var der dog kredse i hans fædreland, også udenfor den katolske kirke, som forstod at værdsætte hans litterære indsats. Dette gav sig bl.a. udslag i, at Svendborg by i 1936 på hans 70 års fødselsdag udnævnte ham til æresborger.
Hans forfatterskab rummer også en meget stor lyrisk produktion, som adskillige danske komponister har fundet inspiration i. I det hele taget er det hans digte, som karakteriseres ved deres smukke sprog, malende naturskildringer og dybe sindbilleder, som især har talt til hans landsmænd.
Ved hans yngste søster Ingeborgs død i 1953 købte Svendborg hans barndomshjem i Fruestræde 15 og istandsatte det for at tilbyde den gamle digter det som æresbolig. I 1953 flyttede han fra Assisi tilbage til barndomsbyen, hvor han boede til sin død den 29. maj 1956, næsten 90 år gammel. I dag står hans barndomshjem som et minde over en af dansk litteraturs mest ejendommelige litterære skikkelser, der efterlod sig et forfatterskab på omkring 80 udgivelser.