Kirken er som de fleste andre landsbykirker langs den fynske kyst opført i sten i 1100-tallet. Om der forud har ligget en kirke af træ har så vidt vides aldrig været undersøgt. I senmiddelalderen blev kirken forsynet med vestvendt tårn og et våbenhus, der lidt usædvanligt blev placeret ud for kvindedøren i kirkens nordside.
En større ombygning blev gennemført i 1866-74, hvorved kirkens oprindelige middelalderpræg blev kraftigt reduceret.
Kvindedøren blev tilmuret og det gamle våben- hus ombygget til ligkapel. En ny indgang blev i stedet etableret gennem tårnet fra vest. Tårnrummet blev ved samme lejlighed udstyret med krydshvælv. De gamle pudslag på de indre mur flader blev banket ned og blev sammen med søjler og ribber rettet af med tilmuringer og forsynet med et hårdt lag cementpuds. Alle spor efter mulige kalkmalerier blev fjernet i den proces. Kirken blev forsynet med høje nygotiske jernvinduer.
Også udvendigt blev kirken udstyret med et tykt lag cementpuds, hvorved den kom til at fremstå med en ensartet grå murflade. Indvendig blev kor, skib og det nye våbenhus i tårnet derimod kalket blåt med hvide søjler og ribber muligvis efter italiensk inspiration. Altertavlen fra 1599 blev taget bort og erstattet af en nygotisk egetræsalterramme med et alterbillede efter Anton Dorph forestillende Jesus vandrende på søen.
Også det øvrige renæssanceinventar blev - bortset fra prædikestolen - fjernet og erstattet af et nyt, bemalet i tidens typiske egetræsådring. Kirken har ved genåbningen i 1874 fremstået som en moderne nygotisk kirke med et vist købstadspræg.
Prædikestolen blev ombygget i 1928 - 29. Den oprindelige, enkle, sekskantede tøndeform fra renæssancen blev udstyret med søjler og hjørnebastioner, og et tilsvarende nyt fundament blev opmuret. Arkitekten har taget udgangspunkt i dette fundament ved udformningen af det nye alterbord.
[b]Renoveringen 2002-2003[/b]
Kort efter valget i 1996 begyndte det daværende menighedsråd at forberede en tiltrængt renovering af kirkens indre. Der var afskalninger, fugt og sprækker i hvælv og vægge, råd og ormeangreb i dele af inventaret. Menighedsrådet havde desuden et ønske om at genåbne den gamle kvindedør i skibets nordside og geninddrage det gamle våbenhus som et kombineret våbenhus og dåbsværelse.
Men den største udfordring var en fornyelse af korpartiet, hvilket fordrede finansiering. Og så skete der et mirakel - vi arvede! Christian Morten Marker Jakobsen, præst i Herstedvester, var født og opvokset i Ø. Skerninge præstegård. Ved sin død i I999 testamenterede han et større beløb til Øster Skerninge Kirke med ønsket om at pengene skulle anvendes til restaurerings- og udsmykningsopgaver. Hermed fik vi også mulighed for at opgradere vores orgel med nye stemmer og et ekstra manual.
Hvad er der sket af ændringer i kirkerummet?
Den oprindelige idé var at kalke kirkerummet hvidt. Men ved afrensningen af de gamle kalklag kom den blå farve fra 1870'er-renoveringen til syne overalt i kirkerummet. Efter rådgivning fra Nationalmuseet og arkitekten besluttede menighedsrådet - efter grundige overvejelser - at tilbageføre kirken til det udséende, den havde før 1870.
Det blå kirkerum fik betydning for farvesætningen af kirkens øvrige inventar. Blandt andet blev bænkene holdt i en afdæmpet lys farve, således at fokus rettes mod kor og altertavle.
En anden vigtig ændring er, at døbefonten er blevet flyttet ned i kirkerummet. I 1870'erne var den blevet placeret midt i korbuen. Nu foregår dåben midt i den menighed, som den er en optagelse i, og vi kan undgå det fænomen, som mange andre steder kan være et problem, at kirkegængere spalter sig i to grupper: en dåbsmenighed oppe foran døbefonten og resten af menigheden bagved.
Opgaven med udformningen af altertavlen valgte menighedsrådet at give til den færøske maler Térbjørn Olsen. Kunstneren fik frie hænder, blot skulle det være en trefløjet altertavle, der kunne lukkes i fastetiden. Fastetidsbilledet er efter traditionen hentet fra Jesu lidelseshistorie og skildrer tornekroningen.
Hovedmotivet i det åbne alterbillede er Johannesevangeliets fortælling om den vantro Thomas, der insisterer på at røre ved Jesu naglegab, før han kan tro. Og da han rører ved spydsåret i hans side, farves hans kjortel rød som blod. Det er selve symbolet på livets forudsæt- ning, der strømmer i ham. Til venstre har han malet de tre kvinder, der kom til den tomme grav og til højre englen, der spørger kvinderne, hvad de søger, og derefter fortæller dem, at Jesus er genopstået. Prædellaen har som motiv den gravlagte Jesus.
Under udførelsen af renoveringen har arkitekterne Steffen Pedersen og Alan Havsteen-Mikkelsen bistået menighedsrådet med solid viden og kyndig vejledning og således medvirket til, at der er blevet skabt lyse og venlige rammer for sognets kirkeliv.